stworzenie programu audytów - określenie jaki obszar działalności przedsiębiorstwa, instytucji ma być badany i dlaczego, oraz z jaką częstotliwością ta ocena ma być przeprowadzana;
wyznaczenie audytorów - odbywa się to na podstawie kryteriów dotyczących wykształcenia, przebytych szkoleń i posiadanego doświadczenia zawodowego (w tym związanego z zarządzaniem jakością), które są niezbędne do uznania pracownika za audytora wewnętrznego. Często bowiem audyt przeprowadza jedna osoba. Stosowane jest też przeprowadzanie audytów wewnętrznych (nadzorowanych przez kierownictwo kontrolowanej instytucji) przez wynajętych audytorów zewnętrznych. Taka osoba jest fachowcem zwykle bardziej doświadczonym i posiadającym wyższe kwalifikacje audytorskie niż kandydaci wyłonieni z grona pracowników organizacji. Jest to niewątpliwa zaleta takiego rozwiązania. Wadą jest zaś to, że osoba, która nie jest pracownikiem firmy, raczej nie pozna dokładnie specyfiki organizacji oraz istniejących i potencjalnych problemów;
przygotowanie audytu - audytor nie działa z zaskoczenia, dlatego datę audytu ustala się na kilka dni przed jego planowanym terminem. Daje to obu stronom czas niezbędny na przygotowanie się;
prowadzenie audytu poprzedza spotkanie otwierające, mające za cel przedstawienie zespołu audytorskiego, zakresu audytu, jego porządku, itd. Samo przeprowadzenie audytu obejmuje analizę dokumentacji dotyczącej kontrolowanego obszaru działalności podmiotu oraz badania bezpośrednio na stanowiskach pracy polegające zwykle na przeprowadzeniu odpowiedniego wywiadu, obserwacji i oceny usług czy wyrobów. Audyt powinien być zakończony spotkaniem zamykającym, podczas którego przekazywane są pierwsze oceny i wrażenia;
opracowanie raportu z audytu, który powinien zawierać: datę, zakres i cele oraz harmonogram audytu; tożsamość audytorów i przedstawicieli audytowanej jednostki; charakterystykę specyfiki organizacji; przedstawienie dokumentów związanych z badaniem; zaobserwowane niezgodności, uwagi pozytywne i potencjały doskonalenia; opinie audytorów w kwestii stopnia zgodności przedmiotu badania ze standardami w tej dziedzinie i odpowiednią dokumentacją. Przekazanie raportu badanemu podmiotowi kończy audyt;
działania poaudytowe - gdy w wyniku audytu stwierdzone zostaną niezgodności, konieczne jest podjęcie odpowiednich działań korygujących. Wdrożenie i nadzorowanie tych działań jest domeną kierownictwa podmiotu lub zarządzających kontrolowanym obszarem (kierownicy działów).