Początki audytu sięgają schyłku XIX w., lecz znaczenia zaczął on nabierać po Wielkim Kryzysie w okresie przełomu lat 20. i 30. XX w. Jako pierwsze wprowadzały audyt instytucje finansowe, w związku z czym do dziś powszechnie kojarzy się on z tą właśnie dziedziną, choć funkcjonuje przecież w firmach produkcyjnych, instytutach naukowych, administracji publicznej, itd. Pierwotnie audyt miał charakter zewnętrzny, czyli był prowadzony przez profesjonalistów nie związanych z kontrolowanym podmiotem.
Jednak następujący po II wojnie światowej rozwój ekonomiczny, rosnące skomplikowanie organizacji (rozwój systemów korporacyjnych) i specjalizacje technologiczne spowodowały konieczność stworzenia audytu wewnętrznego, tzn. zatrudnienia etatowych audytorów. Nowy wymiar audytu przyniosły lata 70. ubiegłego wieku, kiedy to zaczęto zwracać uwagę nie tyl¬ko na zgodność z przepisami, lecz również na efektywność funkcjonowania badanego podmiotu, zaś sami audytorzy z wolna przeistaczali się z „buchalteryjnych policjantów” w doradców.
Wreszcie lata 90. to zmiana koncepcji i mechanizmów kontrolnych z ukierunkowaniem na ocenę podmiotu jako całości, zamiast dotychczasowego badania osobno różnych - nierzadko oderwanych od siebie - aspektów jego działania. Czyni to z audytu bardzo użyteczne narzędzie dla osób zarządzających dowolnym rodzajem organizacji.